Juan Ponce de León était né en 1460 à Santervás de Campos, dans la province de Valladolid en Castille et León. Il avait été page du prince Ferdinand le Catholique, à la Cour de Jean II d'Aragon, puis avait participé à la prise de Grenade. Il passa aux Indes, selon les auteurs, soit en 1493 lors du deuxième voyage de Christophe Colomb, soit, plus probablement en 1502, avec l'expédition de Nicolas de Ovando.
Il participa aux expéditions punitives contre les Taïnos révoltés, dans l'est de l'île et s'installa dans la région de Higüey, avec des fonctions de gouverneur de la province. En 1508, il fut autorisé par le roi Ferdinand II, à explorer l'île de San Juan. Il quitta Hispaniola le 12 juin 1508 et fonda l'établissement de Caparra.
En 1509, il revint à Hispaniola. Il fut nommé par Ovando gouverneur de San Juan, poste qui fut confirmé le 14 août 1509 par le roi d'Espagne. Il revint à San Juan et organisa l'exploitation des mines d'or et généralisa le système traditionnel de l'encomienda. En juin 1511, les Taïnos de l'ile se révoltèrent, mais furent soumis par Ponce de León.
Ovando avait été remplacé par Diego Colomb, qui arriva à Hispaniola le 10 juillet 1509, avec le titre de vice roi. Imbu de ses prérogatives gagnées à l'issue de procès contre la Cour d'Espagne, Colomb voulut reprendre la main sur l'île de San Juan, où il envoya Juan Ceron et Miguel Diaz pour administrer la justice et les finances de l'île. ils se heutèrent à Ponce de León, et lorsque les titres de ce dernier furent confirmés par le roi, le 2 mars 1510, Ponce de León fit arrêter les deux hommes et les envoya en Espagne. Diego Colomb eut finalement gain de cause, et en novembre 1511, Ceron revint avec le titre de gouverneur de San Juan.
Pour le dédommager, et l'écarter de l'autorité de Colomb, le roi d'Espagne donna à Juan Ponce de León des titres pour explorer le territoire des îles de Bimini. Ponce de León équipa 3 bateaux commandés par le pilote Anton de Alaminos, portant 200 hommes et quitta Porto Rico le 4 mars 1513. Il passèrent les Bahamas, et touchèrent la Floride, ainsi nommée par Ponce de León, parce que c'était le 2 avril 1513, le jour de la Pâque Fleurie (Pascua Florida). Il longèrent les côtes de Floride juqu'aux Keys, découvrirent le Gulf Stream, et remontèrent dans la baie de Tampa. Ponce revint à Porto Rico le 19 octobre 1513. Il trouva lîle en pleine rébellion des Taïnos, et sa maison ainsi que l'établissement de Caparra, complètement détruit.
Il partit en Espagne en avril 1514, rendre compte au roi de son expédition. Il fut reçu à la Cour à Valladolid avec beaucoup d'honneurs, le roi lui remettant des armoiries personnelles. Il fut le premier conquistador à recevoir pareil hommage. Ses droits lui furent confirmés pour diriger un établissement en Floride. Pour la première fois, le contrat stipulait l'obligation d'avoir à lire aux indigènes le requerimiento. Il avait également la charge de soumettre les Caraïbes des petites Antilles.
Il quitta l'Espagne le 14 mai 1515, eut quelques affrontements avec les Caraïbes, notamment en Guadeloupe. La campagne contre eux cessa, lorsque Ponce de León, ayant appris la mort du roi Ferdinand, revint en Espagne, où il obtint le soutien du Régent, le Cardinal Francisco Jiménez de Cisneros.
Il repartit pour la Floride avec 2 bateaux, 200 hommes et 50 chevaux. Ils prirent pied à l'emplacement actuel de Charlotte Harbor. Ils y furent attaqués par les indiens, et Ponce de León fut gravement blessé par une flèche empoisonnée. L'expédition gagna rapidement La Havane, à Cuba, où il mourut en juillet 1521.
