Les débuts de la Conquête du Pérou : Le 25 septembre 1513, après une expédition d’un mois à travers l’isthme de Panama, Vasco Núñez de Balboa fut le premier Européen à avoir vu la Mer du Sud, que Magellan, plus tard, nommera Océan Pacifique. Le 29, il prit officiellement possession de cette mer, au nom des Rois d’Espagne.
Le 25 septembre 1513, après une expédition d’un mois à travers l’isthme de Panama, Vasco Núñez de Balboa fut le premier Européen à avoir vu la Mer du Sud, que Magellan, plus tard, nommera Océan Pacifique. Le 29, il prit officiellement possession de cette mer, au nom des Rois d’Espagne.
Par la suite, il entreprit de naviguer vers le sud, et commença à lever des hommes et à construire des bateaux. Son entreprise fut interrompue par le nouveau Gouverneur de la Castille d’Or, Pedrarias Davila, qui le fit arrêter, juger et condamner à mort. Il fut décapité le 15 janvier 1519. Il avait été arrêté par son ancien capitaine Francisco Pizarro.
Le projet d’expédition vers le sud, fut repris trois ans plus tard, par Pascual de Andagoya. Des indiens du golfe de San Miguel l’avaient informé que plus au sud, régnait un riche et puissant cacique du nom de Birú ou de Pirú. Il entreprit donc cette expédition. Après de nombreuses aventures, il parvint au Rio San Juan, dans l’actuelle Colombie. Là, le canoë dans lequel il avait pris place se retourna, et il fut gravement blessé. L’expédition prit fin avec cet incident, et toute la troupe rentra au Panama. Les lettres qu’écrivit Andagoya à son retour, furent commentées, et Birú ou Pirú furent transformés en Péru, nom qui fut attribué à l’empire des Incas.
Pizarro, en association avec Diego de Almagro et Hernando de Luque, reprit le projet d’expédition vers le sud.
Une première tentative eut lieu en 1524. Elle tourna vite au désastre, sur les côtes colombiennes de l’actuelle province de Cauca. Pizarro lui-même faillit perdre la vie dans une bataille violente contre les tribus indiennes, dans un lieu que les Espagnols appelèrent Punta Quemada. Diego de Almagro y perdit un œil.
Une seconde expédition partie en 1526, tourna également au désastre en juin 1527. Arrivés à l’île du Coq (la Isla del Gallo), tous les hommes demandèrent à rentrer à Panama. Le nouveau Gouverneur de Panama, Pedro de Los Rios, envoya chercher les hommes qui ne voulaient pas continuer. Ils furent conduits par Juan Tafur. Seuls 13 hommes décidèrent de poursuivre avec Pizarro : Los trece de la fama. Pizarro aurait tiré un trait dans le sable avec son épée, et aurait demandé à ceux qui voulait poursuivre, de franchir la ligne ainsi dessinée. Le pilote Bartolomé Ruiz fut le premier à voir sur l’eau un bateau Inca, une balsa, manœuvré par des hommes richement vêtus et parés d’or. Pizarro abandonna encore l’expédition et rentra à Panama, d’où il partit en Espagne pour demander le soutien de l’empereur Charles Quint.
Le 26 juillet 1529, il obtint de Charles Quint, dans les Capitulations de Tolède, le titre de Gouverneur, de Capitaine Général et d’adelantado de ces nouveaux territoires dénommés Nouvelle Castille. Les capitulations portent en elles le germe des guerres civiles que le Pérou connaîtra plus tard, car contrairement à ses promesses, Pizarro s’était fait attribuer tous les titres, ne laissant notamment à Almagro que le maigre titre de Lieutenant de la petite ville de Tumbez.
En 1530, Pizarro revint à Panama accompagné d’hommes recrutés dans sa région natale d’Extrémadure, et de ses frères, à qui il donna les postes d’encadrement de la troupe, malgré leur inexpérience totale des Indes.
Fin 1530, l’expédition partit de Panama avec 185 hommes et 35 chevaux. Elle s’arrêta plusieurs mois à Coaque, en Equateur. Plus du tiers des hommes moururent de maladie ou des attaques des Indiens. Des renforts envoyés de Panama par Almagro (une soixantaine d’hommes) arrivèrent plusieurs mois plus tard. L’expédition poursuivit la route terrestre jusqu’au Golfe de Guayaquil, d’où il passèrent sur des radeaux, le 25 juillet 1531, dans l’île de la Puna, avec l’aide d’indiens de l’île. Elle y reçut de nouveaux renforts venus du Nicaragua avec Sebastian de Benalcazar et Hernando de Soto.
Itinéraire de la conquête du Pérou
C’est seulement un an plus tard, qu’ils repassèrent sur la côte, où ils prirent possession de la ville de Tumbez. Ils quittèrent Tumbez le 16 mai 1532 et arrivèrent à Cajamarca le 15 novembre de la même année, après avoir fondé la ville de San Miguel où Pizarro laissa une partie de la troupe (les blessés et les malades notamment).
A Cajamarca, on assistera au massacre de plus de 2 000 indiens de la suite d’Atahualpa et de l’armée inca. On assistera aussi à la capture de l’inca Atahualpa.