Diego de Alvarado, né à Badajoz, était cousin de Pedro de Alvarado et de ses frères. On ne connaît pas la date de son arrivée en Amérique, mais on sait qu'il participa activement à la conquête du Guatemala. On sait qu'il fut l'auteur, en 1528, de la seconde fondation de la ville de San Salvador qui avait été fondée une première fois en 1525 par Gonzalo de Alvarado et détruite par les autochtones.
En 1534, il vint au Pérou dans l'expédition organisée par son cousin Pedro, et resta sur place après l'abandon des prétentions de Pedro de Alvarado suite à l'accord intervenu entre ce dernier et Diego de Almagro.
Il fut alors un loyal serviteur d'Almagro, qu'il accompagna dans son expédition de découverte du Chili, et qu'il aida, au retour, à s'emparer de Cusco. A cette occasion il s'opposa à Rodrigo Orgóñez, qui voulait faire exécuter les deux frères de Francisco Pizarro, Hernando et Gonzalo. Il fut ensuite envoyé à la rencontre du capitaine pizarriste, Alonso de Alvarado, envoyé par Pizarro pour reprendre la ville de Cusco et libérer ses frères. Fait prisonnier, il fut libéré par Almagro après sa victoire à la bataille d'Abancay le 12 juillet 1537.
Hernando et Gonzalo Pizarro ayant eu la vie sauve, réunirent de nouvelle troupes et défirent celles de Diego de Almagro à la bataille de las Salinas le 6 avril 1538. Almagro fut exécuté, mais Diego de Alvarado eut la vie sauve. Il fut même exécuteur testamentaire de Diego de Almagro, tuteur du jeune Diego de Almagro el mozo, fils du précédent.
Il se rendit alors en Espagne pour présenter une plainte contre Hernando Pizarro pour l'exécution de Diego de Almagro. Il mourut peu après, en 1540, dans des circonstances mystérieuses, probablement empoisonné à l'initiative du clan Pizarro. Hernando Pizarro fut néanmoins condamné et passa 20 ans emprisonné au chateau de la Mota, à Medina del Campo.
Diego de Alvarado fut ainsi un des plus fidèles partisans de Diego de Almagro, mais un homme de paix, convaincu que la justice devait sanctionner les Pizarro.
