Gonzalo de Alvarado était passé aux Indes en 1510 avec son oncle Diego de Alvarado. Il participa avec son frère Pedro à la conquête de Cuba sous les ordres de Diego Velazquez de Cuéllar, à l'expédition sur les côtes du Yucatan avec Juan de Grijalva, à la conquête du Mexique puis à celle du Guatemala à partir de décembre 1523.
Il se signala dans les combats contre les Pipiles, notamment en prenant le commandement de la troupe après que son frère Pedro eut été blessé d'une flèche qui lui traversa la jambe, "le clouant à la selle de son cheval".
En 1525, il fonda la ville de Salvador, à la demande de son frère Pedro. La ville fut ainsi nommée pour pour le fait que Gonzalo lui avait sauvé la vie dans les combats de l'année précédente. La ville fut détruite l'année suivante et refondée en 1528, par Diego de Alvarado, cousin des précédents.
Il participa ensuite aux incessants combats contre les populations locales hostiles.
Il mourut à Mexico le 11 janvier 1541.
