Pedro Álvarez Holguín, était né en 1490 à Cáceres, Province de Badajoz, en Estrémadure. Il aurait, selon certains auteurs participé à la conquête du Mexique, bien que son nom ne figure dans aucune liste de conquistadors ou même de titulaires d'encomienda au Mexique.
Il s'installa au Panama, puis passa au Pérou en 1536, où il participa d'abord aux combats contre la rébellion de Manco Inca. Pendant la guerre civile, il changea souvent de camp : D'abord du côté des pizarristes, il marcha sous le commandement d'Alonso de Alvarado, contre les troupes d'Almagro, revenant du Chili, et rassemblées à Abancay. Dans cette victoire d'Almagro, le 13 juillet 1537, il fut fait prisonnier et détenu à Cusco. Libéré par Lorenzo de Aldana, il réintégra l'armée d'Almagro, avec qui il participa à la bataille de Las Salinas, le 6 avril 1538, qui vit la défaite d'Almagro, suivie de son exécution par les frères Pizarro.
Il fut pardonné par Pizarro, puisque ce dernier lui confia, en 1541, la conquête des territoires du sud, en Bolivie actuelle. Holguin avait désapprouvé l'assassinat de Francisco Pizarro, et avait juré de le venger. Il se mit alors au service de Cristóbal Vaca de Castro, dans sa lutte contre Diego de Almagro el Mozo. Le 16 septembre 1542, il participa à la bataille de Chupas, près d'Ayacucho, qui vit la défaite des almagristes.
Pedro Álvarez Holguín mourut lors de cette bataille.
