Juan Alonso Álvarez était né Valladolid en Castille et León. Il passa aux Indes en 1543 avec le vice roi Blasco Núñez Vela. Álvarez était l'un des 4 oidores nommés pour constituer la première Audience de Lima.
Déjà au Panama, il se montra malhonnête et indiscipliné, se faisant accompagner sur le chemin entre Nombre de Dios et Panamá, par sa maîtresse portée à dos d'esclaves. Il passa au Pérou avec le vice roi. A Lima, il assista à la mort d'Illán Suárez de Carbajal, tué par le vice roi de ses propres mains.
Il fomenta une rébeliion contre le vice roi au sein de l'Audience, favorisant le soulèvement de Gonzalo Pizarro contre l'application des Leyes Nuevas. Avec deux autres oidores, Diego Vásquez de Cepeda et Juan Lissón de Tejada, il fit destituer le vice roi et organisa son renvoi forcé en Espagne. Lors d'une entrevue avec le vice roi, il jura au vice roi sa fidélité. Lorsque celui-ci fut fait prisonnier, le 18 septembre 1544, Álvarez fut chargé de rédiger le dossier de son accusation, et de l'accompagner à Panama. Mais sur le bateau, il fut 'retourné' par le vice roi, (peut-être acheté), et ils débarquèrent à Tumbes.
Álvarez gagna ensuite la confiance du vice roi, et participa à toutes les campagnes contre Gonzalo Pizarro. Il combattit comme capitaine, à la bataille d'Iñaquito, le 18 janvier 1546, où gravement blessé, il fut fait prisonnier et conduit à Quito. Il se rétablit miraculeusement.
Mais Vásquez de Cepeda, un des 4 oidores, qui avait été désigné comme président de l'Audience, et qui lui vouait une haine féroce, l'empoisonna lors d'un dîner auquel il l'avait invité. Il mourut à Quito et fut enterré sans les honneurs de son rang d'oidor.
