Pascual de Andagoya était né en 1495, à Andagoya, dans la vallée de Cuartango, Province d'Álava, dans le Pays Basque. Il passa aux Indes en 1514, lors de l'expédition de Pedrarias Dávila. Il participa à plusieurs opérations en Terre Ferme, dont la fondation de la ville de Panamá. Il en fut le premier regidor en 1521. Il avait une activité dans la construction de bateaux, et fut armateur pour beaucoup d'expéditions.
Il investit ses bénéfices dans une expédition vers le sud. Il parvint à la baie de San Juan, en Colombie actuelle, et devint gouverneur de la province du même nom. Il y apprit l'existence de l'empire Inca, plus au sud, après avoir rencontré un cacique du nom de Birú. Ce cacique lui avait sauvé la vie lorsque son canoë s'était retourné et qu'il était sur le point de se noyer. A son retour, le nom de Birú fut transformé en Piru, puis Perú, servant ainsi à désigner les territoires sous domination inca. Andagoya revint au Panama après cet accident, et le projet de conquête fut repris par Pizarro en 1524. Il fut gouverneur du Panama en 1534, et fut le premier à évoquer l'idée d'un canal à travers l'isthme.
En 1539, il revint à San Juan où il fonda la ville de Buenaventura. Il s'opposa à Sebastián de Benalcázar, gouverneur de la province voisine de Popayán, sur la délimitation de leurs territoires respectifs. On le retrouve au Pérou en 1548 comme capitaine d'infanterie des troupes de La Gasca, lors des combats menés contre Gonzalo Pizarro.
Il mourut à Cusco le 18 juillet 1548.
Il est l'auteur d'une importante chronique intitulée Relación que da el Adelantado de Andagoya de las tierras y provincias que abajo se hará mención.
