Juan de Betanzos était né en 1510, à Betanzos, Province de la Corogne en Galice. Il était venu aux Indes en 1538, comme secrétaire de Francisco de Castañeda nommé juge dans l'île de Cubagua (Venezuela). Il suivit Castañeda lorsque celui-ci fut nommé au Pérou en 1539. Il quitta alors le service du juge et devint l'homme de confiance de Francisco Pizarro. Après la mort de ce dernier, il fut un temps, le conseiller de Gonzalo Pizarro, prenant son parti dans la contestation qui s'élevait sur l'application des Leyes Nuevas. Mais vite, il quitta ce dernier pour passer dans les rangs de Pedro de la Gasca.
Il eut une riche encomienda à Azángaro. Il collabora avec La Gasca et l'évêque Jerónimo de Loayza, comme juriste.
A l'arrivée du second vice roi, Antonio de Mendoza, en septembre 1551, il fut chargé d'écrire une histoire pré-hispanique du Pérou. Il avait épousé une soeur de l'inca Atahualpa, et parlait parfaitement le quechua. Pour cette raison, à l'arrivée du troisième vice roi, Andrés Hurtado de Mendoza, marquis de Cañete, il fut chargé de négocier avec l'inca rebelle, Sayri Túpac, la fin de la rébellion et son intégration dans la société espagnole. Avec les vice rois successifs, il eut toujours ce rôle de négociateur avec les princes inca, jusqu'à l'épisode de la rébellion de Tupac Amaru, qui se termina par la défaite militaire de celui-ci et son exécution sur la place de Cusco le 24 septembre 1572.
Juan de Betanzos mourut à Cusco en 1576.
Il laissa son histoire du Pérou pré hispanique, connue sous le titre Summa y Narración de los Incas, dont le manuscrit resta ignoré, jusqu'à sa redécouverte au XIXème siècle.
