Francisco de Bobadilla était un religieux de l'Ordre de Notre-Dame de la Merci. Cet Ordre avait été créé au début du XIIIème siècle, pour racheter les chrétiens captifs des pirates maures en Méditérranée et réduits en esclavage. Francisco de Bobadilla était à Panama en 1523, ami du gouverneur Pedraias Davila, qui avait épousé une de ses parentes. Il était Vicaire Provincial de l'Ordre de la Merci. Il était passé au Nicaragua en 1528 où il avait fondé le Couvent de la Merced de León.
Dès 1534, l'Ordre était présent au Pérou, et très rapidement furent fondés les couvents de Cusco et de Lima. Les mercédaires étaient très proches des conquistadors, et furent souvent nommés comme arbitres dans les conflits qui se présentaient entre eux.
Francisco de Bobadilla, fut désigné en 1537, comme arbitre dans le litige existant entre Francisco Pizarro et Diego de Almagro, sur les limites de la Nouvelle Castille (Pérou) et de la Nouvelle Tolède (Chili). Almagro soutenait en effet, que la ville de Cusco dépendait de sa juridiction. L'arbitrage fut rendu en faveur de Pizarro, et Diego Orgoñez, le fidèle second de Diego de Almagro, ne manqua pas de souligner la partialité de l'arbitre. Dans sa naïveté habituelle, Almagro ne voulut pas croire qu'un religieux pût être partial.
Cieza de León va jusqu'à dire que le provincial avait été corrompu, "avec de l'or et de l'argent".
