Alonso de Cáceres était né à la fin du 15ème siècle à Alcántara, Province de Cáceres, en Estrémadure. Il passa aux Indes vers 1530 et participa sous le commandement de Pedro de Heredia, à des expéditions au sud du Panama et au nord de la Colombie. Il participa notamment à la fondation de la ville de Carthagène, le 10 janvier 1533. Il était également dans les expéditions dans la région de Cenú.
En 1536, il fut envoyé par Francisco de Montejo, explorer la région du Honduras. Parti de Gracias a Dios, il fonda la ville de Comayagua, qui sera la première capitale du Honduras. Il se heutera au cacique Lempira qui avit réuni 30000 indigènes pour s'opposer aux Espagnols. Cáceres fit assassiner le cacique par ruse, et réussit à pacifier la région.
En 1539, il passa au Pérou, où il s'installa à Jauja. Il participa à plusieurs expéditions, s'installa ensuite à Cusco, puis lors de la rébellion de Gonzalo Pizarro, et comme il était fidèle au camp opposé, il s'enfuit à Arequipa. Après que le vice roi Blasco Núñez Vela fut fait prisonnier, il fut condamné à mort par Gonzalo Pizarro, mais finalement gracié. Lors des combats entre Pedro de la Gasca et Gonzalo Pizarro, il participa encore aux combats dans le camp des forces royalistes.
Il finit sa vie à Arequipa après la guerre civile.
