Francisco de Chaves (el Almagristo) était le cousin germain d'un homonyme du clan pizzariste. Il fut de ceux qui tentèrent d'apaiser les esprits lors de la guerre civile, et s'opposa souvent à Rodrigo Orgoñez.
Il participa à l'expédition chilienne de Diego de Almagro, où il se distingua en plusieurs occasions aux côtés de Salcedo. Il participa ensuite à la prise de Cusco avec Almagro, à l'emprisonnement des frères Pizarro, à la bataille d'Abancay contre Alonso Alvarado, et aux combats contre les troupes de Manco Inca.
Après l'entrevue de Mala, Almagro ayant consenti à libérer les frères Pizarro, fut battu par eux à la bataille de Las Salinas du 6 avril 1538. Francisco de Chaves figurait parmi les vaincus. Sa vie fut épargnée, mais il subit les injures et les outrages du camp des vainqueurs. Il vécut à Lima, parmi les partisans de Diego de Almagro el Mozo, et est cité parmi les 12 qui ne sortaient dans la ville, qu'à tour de role, n'ayant qu'une seule cape à se partager. Il participa au complot conduisant à la mort de Francisco Pizarro.
Dans la période troublée qui suivit, Francisco de Chaves eut un conflit avec le maître de camp d'Almagro el Mozo, Cristóbal Sotelo, à propos d'une indienne. L'affaite tourna à son désavantage, et Chaves vexé, se présenta à Almagro, lui remettant ses armes et son cheval, et lui disant qu'il n'était plus son ami. Juan de Rada l'arrêta en même temps que Francisco Núñez de Pedroso. Il les fit transporter sur un bateau dans le port de Callao, où Chaves fut exécuté, Pedroso exilé.
