Francisco Hernández de Cordoba était né à Cabra près de Cordoue en Andalousie vers 1475. Il s'embarqua pour les Indes le 10 janvier 1517 où il participa à plusieurs expéditions pour le compte de Pedrarias Dávila, gouverneur du Panama.
En 1523, il fut envoyé sur la zone de la côte Pacifique, actuels territoires du Nicaragua et du Costa Rica. Il y fonda les villes de Granada et de León. Il est, à ce titre considéré comme le fondateur du Nicaragua, pays dont la monnaie porte son nom. Il fonda aussi la ville de Bruselas au Costa Rica actuel.
Il s'allia à Gil Gonzalez Dávila dans la poursuite de Cristobal de Olid, le capitaine de Cortés envoyé par ce dernier pour coloniser le Honduras, et qui l'avait trahi au profit de Diego Velazquez de Cuellar, gouverneur de Cuba. Pedrarias Dávila craignant la trahison de son envoyé, le fit arrêter et décapiter en 1526 à León.
Ses restes furent découverts dans cette ville, en 2000, à côté de ceux de Dávila, et furent transférés dans la cathédrale de Managua.