Francisco Hernández de Cordoba était né vers 1475. En 1517, il fut envoyé par le gouverneur de Cuba, Diego Velázquez de Cuéllar, pour découvrir les régions à l'ouest de Cuba. Il découvrit ainsi le Yucatan, lors d'une expédition conduite par le pilote Antón de Alaminos, à laquelle participait aussi le chroniqueur Bernal Diaz del Castillo. Ils touchèrent la côte au cap Catoche, et longèrent la côte jusqu'à Champotón, après avoir découvert Campêche.
Ils subirent pendant toute cette expédition, qui ne dura que de février à mai 1517, l'hostilité des indigènes, qui les contraignit rapidement à revenir vers Cuba, où il mourut des blessures infligées par les flèches des Maya.
L'expédition sera reprise l'année suivante, sous le commandement de Juan de Grijalva.
Un autre conquistador porte le même nom, qui sera, quelques années plus tard, le fondateur du Nicaragua.