Francisco Hernández Girón était né à Cáceres en Estrémadure vers 1510. Venu à Panama en 1535 avec Felipe Gutiérrez pour oarticiper à la conquête de l"Amérique Centrale, il le suivit au Pérou aoprès l'échec de ce projet.
Au Pérou en 1538, il se joignit à la troupe de son parent Lorenzo de Aldana dans une expédition contre Sebastián de Benalcazár à Quito, puis à celle de Juan de Ampudia pour soumettre les indiens Paeses..
En 1544, il se rangea aux côtés du vice-roi Blasco Nuñez Vela, avec lequel il participa à la bataille d'Anaquito contre Gonzalo Pizarro. Les pizarristes remportèrent la bataille, le vice-roi prisonnier fut décapité, et Francisco Hernández Girón eut la vie sauve, en changeant de camp et devenant un farouche partisan des pizarristes dans la lutte contre l'application des leyes nuevas.
Après la défaite de Gonzalo Pizarro il resta rebelle aux décisions de la Couronne, et à la tête d'une armée de 900 hommes, il défit les armées royalistes commandées par Pedro de Meneses puis par Alonso de Alvarado.
Il fut finalement défait à la bataille de Pucara le 8 octobre 1554. Il réussit à s'enfuir, mais fut fait prisonnier peu après, condamné et exécuté en décembre 1554. Décapité, sa tête fut mise au pilori sur la place d'armes de Lima.
