Juan Alonso Badajoz était venu aux Indes en 1530, et avait participé à la troisième expédition de Pizarro pour la conquête du Pérou. Il était présent sur l'île de Puná, et avait été chargé par Francisco Pizarro de ramener le trésorier de l'expédition Riquelme, qui était reparti vers Panama après une altercation avec Hernando Pizarro.
Il ne participa pas à la bataille de Cajamarca, étant resté à San Miguel de Piura. Il vint ensuite à Cajamarca avec Diego de Almagro, lorque celui ci arriva au Pérou. Il partit ensuite avec Diego de Almagro vers le nord, pour s'opposer à Pedro de Alvarado qui avait organisé une expédition vers Quito. Il jouissait de la confiance d'Almagro, et vivait à Lima lors de l'assassinat de Francisco Pizarro, où il fut probablement parmi les conjurés, qui se réunissaient dans sa maison.
Il n'est plus cité par les chroniqueurs, jusqu'à 1553, où il participe à la conspiration de Francisco Hernández Girón. Il fut Maître de Camp sous le commandement de Cristóbal Peña, capitaine de Girón. Il fut tué à la bataille de Chuquinga, lorsque, vêtu exactement comme son chef, il fut pris pour cible d'un arquebusier nommé Perales.
