Juan de Cáceres était comptable du trésor au Pérou, et comme officiel royal, il fut membre du Cabildo de Lima. Lors de l'assassinat de Francisco Pizarro, en 1541, il était parti à Panama pour s'éloigner des mouvements suscités par Diego de Almagro el Mozo. Il y avait rencontré Cristóbal Vaca de Castro, et était revenu au Pérou avec lui. En 1542, il refusa l'autorité de Juan Vélez de Guevara, envoyé par Vaca de Castro. Il s'enfuit encore à Panama.
Il prit le parti des oidores de Lima qui emprisonnèrent le vice roi Blasco Núñez Vela en 1544, et fut alors un partisan de Gonzalo Pizarro.
Mais à l'arrivée de Pedro de la Gasca, il se rangea du côté des troupes royalistes.
Il fut exécuté, en même temps que Baltazar de Castilla , lors de la rébellion de Francisco Hernández Girón en 1554, sur ordre de Diego de Alvarado, le maître de camp de Girón.
