D'une famille de marchands, Pedro de Mendoza, né dans la région de Sahagún (province de León) n'a aucun lien avec la famille noble des Mendoza.
Il participa à la conquête du Pérou et à la bataille de Cajamarca comme fantassin. Il perçut, lors de la répartition de la rançon d'Atahualpa, 3/4 de part d'or et d'argent (3330 pesos d'or et 135 6/8 marcs d'argent). Il procédait sans cesse à des opérations commerciales (ventes de chevaux, d'esclaves, de bétail etc), et s'enrichit dans ces opérations. Il participa au financement de l'expédition chilienne de Pedro de Valdivia et de Pedro Sancho de Hoz.
Il vivait de manière totalement insolite parmi les indigènes de son encomienda. Il était installé à Lima, puis participa en 1539 et 1540, à la fondation d'Arequipa, où il était installé en 1556.