Alonso de Mesa était né vers 1514, à Tolède en Castille la Manche. Venu au Pérou après le voyage de Francisco Pizarro en Espagne en 1529 - 1530, il n'avait que 18 ans lorsqu'il prit part à la bataille de Cajamarca. Il perçut 3/4 de parts d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon d'Atahualpa (3 330 pesos d'or et 135 6/8 marcs d'argent).
Il eut une encomienda à Cusco dont la taille fut réduite par la suite par le clan Pizarro en raison de ses sympathies pour Almagro. Il ne prit pas clairement partie dans les guerres civiles qui suivirent, se contentant de gérer discrètement ses affaires. Dans les années 1550, il devint un des hommes les plus riches du Pérou.
Il refusa longtemps de se marier, vivant à Cusco dans sa maison avec six concubines indigènes, dont une princesse Inca du nom de Catalina Huaco Ocllo, qu'il épousa finalement. Il eut de nombreux enfants de ces différentes femmes.
Il mourut en 1587 laissant un testament des plus philantropiques à l'égard des indigènes.
