Juan Morgovejo de Quiñones était né vers 1503 à Mayorga en Castille la Vieille, d'une famille noble. Il était au Nicaragua en 1528, et était passé au Pérou avec Sabastian de Benalcázar pour rejoindre l'expédition de Francisco Pizarro.
Il participa comme cavalier, à la bataille de Cajamarca, et perçut deux parts d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon de l'Inca Atahualpa (8 880 pesos d'or et 362 m&rcs d'argent).
Il fut en 1534, l'un des premiers alcaldes à la création de la ville espagnole de Jauja, puis de Lima lorsque la capitale du Pérou fut déplacée dans cette ville.
Sa carrière s'arrêta en 1536 lorsqu'il fut tué dans une expédition contre les indiens révoltés sous la conduite de Manco Inca. A la tête d'une troupe de 30 cavaliers, il fut victime dan la vallée du rio Mantaro, d'une embuscade dans des lieux escarpés où les chevaux n'avaient pas l'avantage qu'ils connaissaient en rase campagne, dont peu d'hommes furent rescapés.