Rodrigo Nuñez était né vers 1497 en Estrémadure. Il était venu aux Indes en 1514 avec Pedrarias Davila, le gouverneur de Panama. Après quelques expéditions dans la région de Panama jusqu'au Honduras, il s'installa au Nicaragua où il possédait une encomienda en 1520.
Il suivit Benalcazar dans l'expédition du Pérou et compte tenu de son ancienneté aux Indes, souhaitait un poste de responsabilité. Compte tenu des hommes déjà présents, il n'eut que le poste très honrifique de "maestre de campo", sans en avoir les vraies responsabilités. Pour cette raison il ne reçut que la double part habituellement attribuée aux cavaliers, lors de la répartition de la rançon d'Atahualpa, soit 8880 pesos d'or et 362 marcs d'argent.
Vexé par cette sutuation Ridrigo Nuñez se rapprocha de Diego de Almagro, dont il devint un partisan jusqu'au bout. Il l'accompagna dans son expédition à Quito, puis dans la grande aventure du Chili entre 1535 et 1537. Au retour du Chili, il soutiendra Diego de Almagro puis son fils Diego de Almagro el mozo dans tous les évènements de la guerre civile.
Il échappa de peu à la mort dans la bataille de Chupas en 1542 et dans les exécutions qui suivirent. Il perdit son encomienda et vécut dans une relative pauvreté, jusqu'à l'arrivée du vice-roi Blasco Nuñez Vela en 1544.
Lorsque les pizzaristes occupèrent Lima en 1544, il fut exécuté sur ordre de Gonzalo Pizarro.
