Francisco Peces était originaire de Sonseca près de Tolède en Nouvelle Castille. Il avait été recruté par Francisco Pizarro lors de son voyage en Espagne en 1529, et participa à la conquête du Pérou. Présent comme homme à pied à la bataille de Cajamarca, il perçut 7/8 de part d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon d'Atahualpa, soit 3 880 pesos d'or et 158 3/8 marcs d'argent.
Grâce à des appuis à la Cour, il connut une ascension rapide : En 1534, il fut nommé sur ordre royal, regidor de Cusco. Par son origine géographique en Espagne, il fut un proche de Diego de Almagro, et prit son parti lors de la guerre entre Almagristes et Pizarristes. Il ne prit pas part à l'expédition d'Almagro au Chili, mais se rallia à lui à son retour en 1537, lorsqu'il s'empara de Cusco.
Il participa à la bataille de Salinas en 1538, après laquelle il perdit son encomienda et son poste au conseil de la ville de Cusco.
En septembre 1541, après la mort de Francisco Pizarro, il fut réhabilité sur ordres royaux et obtint des armoiries. Il se rallia ensuite aux troupes de Diego Almagro el Mozo, dont il fut un des capitaines.
Il fut exécuté sur ordre de Cristóbal Vaca de Castro, après la bataille de Chupas (16 septembre 1542).
