Juan Pizarro était né vers 1510 à Trujillo en Estramadure. Il était le propre frère de Gonzalo Pizarro, et le demi-frère de Francisco et de Hernando. Ils avaient tous comme père le capitaine Gonzalo Pizarro, capitaine lors des campagnes militaires en Italie.
Juan était des quatre frères, le plus pondéré de caractère, et probablement promis à un plus grand rôle dans l'histoire de la conquête du Pérou, s'il avait vécu plus longtemps.
Arrivé aux Indes avec ses frères en 1531, il participa avec eux à la conquête du Pérou. A Cajamarca, il aurait commandé une partie des hommes à pied. Lors de la répartition de la rançon de l'Inca Atahualpa, il perçut 2 parts 1/2 d'or et 2 parts 1/4 d'argent (11100 pesos d'or et 407 2/8 marcs d'argent). Il fut ensuite chargé par Francisco Pizarro de suivre le capitaine Hernando de Soto dans ses actions militaires. Il fut regidor de Cusco à la fondation de la ville espagnole. Il représenta les intérêts du clan lorsque Francisco découvrait le Pérou ou que Hernando voyageait en Espagne. Au retour de Hernando, ils partagèrent le pouvoir à Cusco.
Il mourut en 1536 lors de l'attaque par les Espagnols de la forteresse inca de Sacsayhuamán, lorsque, blessé, il continua à combattre sans son casque, et qu'il eut le crâne brisé par une pierre lancée par un guerrier inca.
Il mourut quelques jours après, laissant un testament dans lequel il désignait pour héritier son frère Gonzalo, après avoir fait des legs à l'Eglise et à tous les habitants de sa ville natale de Trujillo. Il fut enterré dans la cathédrale de Cusco.
