Pedro Pizarro était né vers 1515 à Tolède en Castille la Manche. Cousin de Francisco Pizarro et de ses frères, il avait été recruté par celui-ci lors de son passage en Espagne en 1529 et 1530. Au début de la conquête du Pérou, il servit comme page de son cousin, puis à partir de 1533, il servit comme cavalier. Il participa alors à la plupart des grands événements de cette période.
Il combattit ainsi à la bataille de Las Salinas du 26 avril 1538, qui vit la défaite de Diego de Almagro, puis à la bataille de Chupas le 16 septembre 1542, aux côtés de Cristóbal Vaca de Castro, contre Diego de Almagro el Mozo. Il était encore à la bataille de Jaquijaguana le 9 avril 1548, aux côtés de Pedro de la Gasca, contre Gonzalo Pizarro. Sa loyauté envers les forces royalistes dut cependant mise en doute, en raison d'une lettre écrite à Gonzalo Pizarro en 1546. Il esta néanmoins, un homme riche et considéré.
Il avait participé en 1540, à la fondation de la ville d'Arequipa, où il se retira jusqu'à sa mort, survenue en 1602.
Il est l'auteur d'une chronique intitulée Relación del Descubrimiento y Conquista de los Reinos del Perú, publiée seulement en 1844, dont le texte est disponible sur Google Books.
