Pedro de Puelles était né à Séville, en Andalousie.
Il vint au Pérou dans l'expédition de Pedro de Alvarado en 1534. Passé au service de Benalcázar, il se montra indiscipliné, ce qui lui valut une sanction. Après la bataille d'Iñaquito, il eut la bassesse d'insulter Benalcázar, alors que celui-ci était blessé et prisonnier.
Il fut lieutenant de gouverneur à Quito, pendant l'expédition de Gonzalo Pizarro en Amazonie. Après la bataille de Las Salinas, Vaca de Castro l'envoya terminer la fondation et le peuplement de la ville de León de Huánuco. Il y vivait encore à l'arrivée du vice roi Blasco Núñez de Vela, qui le confirma dans sa fonction de lieutenant de gouverneur de la province. Il prit parti pour Gonzalo Pizarro contre Núñez de Vela, avec qui il participa à la bataille d'Iñaquito, le 18 janvier 1546, qui se termina par la mort du vice roi. A l'arrivée de Pedro de la Gasca, il essaya de négocier sa grâce, contre son soutien à La Gasca, mais il fut assassiné le 29 mai 1547, par Rodrigo de Salazar, el corcovado.
Il fut ensuite décapité, et sa tête mise dans une cage de fer, fut exposée sur la place, à l'endroit même où avait été exposée celle du vice roi.
