Juan de Quincoces était originaire de la région de Burgos, probablement apparenté à une famille de commerçants de cette ville. Il participa à la bataille de Cajamarca comme cavalier, et reçut double part d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon de l'inca Atahualpa (8880 pesos d'or et 362 marcs d'argent). Il était à l'avant garde des cavaliers lors du déplacement de la troupe vers Jauja, et fut l'un des trois premiers à pénétrer dans la vallée de Jauja.
En 1534, il fut chargé par Pizarro de récupérer des habitants de Cusco, des trésors dont ils s'étaient appropriés dans la ville, contre les ordres du gouverneur. Il réussit cette mission, et ramena à Jauja 30000 pesos d'or et 35000 marcs d'argent.
Il était proche des Pizarro à qui il rendait d'importants services. Il s'était installé comme négociant et faisait du commerce avec Panama et avec l'Espagne. Pizarro le fit nommer regidor de Cusco en 1535, puis regidor perpétuel de Lima.
Il mourut en 1536 ou 1537, lors d'un soulèvement d'indigènes.
