Gabriel de Rojas y Córdoba passa aux Indes avec l'expédition de Pedrarias Dávila en 1513. Il figure comme l'un de ses capitaines en même temps que Pizarro et Almagro. Il participa à l'expédition de découverte du Costa Rica avec Gaspar de Espinosa, puis occupa la charge de Lieutenant Gouverneur d'Acla, dans le golfe d'Uruba. Il accompagna Francisco Hernández de Córdoba lors de la fondation des villes de León, Grenada et Segovia au Nicaragua. Il tenta de convaincre Cristobal de Olid de renoncer à son expédition vers le sud.
En 1529, il est toujours au Nicaragua, participe à la découverte des lacs. Il se montre toujours loyal, bon stratège et valeureux soldat, selon le chroniqueur Oviedo.
Il passe au Pérou en 1533, avec l'expédition de Pedro de Alvarado, puis participe avec Pizarro et Almagro aux combats contre l'armée inca de Quizquiz, puis de Manco. Il participe notamment à la défense de Cusco où il est blessé. Il est souvent cité par les chroniqueurs Pedro Pizarro, Cieza de León et Antonio de Herrera.
Au début de la guerre civile, il combattit à côté de Diego de Almagro. Il fut fait prisonnier à la bataille de Las Salinas, le 26 avril 1538, qui vit la défaite d'Almagro, suivie de son exécution, mais fut libéré, compte tenu de la vieille amitié qui le liait à Francisco Pizarro. Il est ensuite aux côtés d'Hernando et de Gonzalo Pizarro dans les expéditions de pacification de la région des Charcas.
Il refusa de prendre part à la guerre civile qui suivit l'assassinat de Francisco Pizarro, et fut écouté par Vaca de Castro puis par Blasco Núñez Vela. Il combattit ensuite avec Pedro de la Gasca et participa notamment à la bataille de Jaquijaguana, qui vit la défaite de Gonzalo Pizarro et la fin de la guerre civile.
La Gasca lui confia un rôle important dans l'administration des mines de Potosi.
Il mourut en 1549, dans un combat contre les indigènes de la province de Catamarca, dans l'actuelle Argentine, touché par une flèche empoisonnée.
