Pedro de San Millan était né vers 1509 à Segovia en Castille la Vieille, dans une famille de commerçants. Il vint au Pérou depuis le Nicaragua à la suite de Soto ou de Benalcázar.
Il participa à la bataille de Cajamarca et perçut 3/4 de part d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon d'Atahualpa (3330 pesos d'or et 135 6/8 marcs d'argent). Il fit ensuite des opérations commerciales où il perdit tout. Il participa alors à la tentative de conquête du Chili avec Diego de Almagro, et prit son parti lors de la guerre civile qui suivit leur retour du Chili. Il participa à la bataille de Salinas où Almagro fut défait.
En 1541, à Lima, il fut l'un des artisans de l'assassinat de Francisco Pizarro. Il se battit ensuite aux côtés de Diego de Almagro el Mozo, qu'il accompagna jusqu'à la défaite de Chupas.
Fait prisonnier par les troupes du gouverneur Vaca de Castro, il fut exécuté sommairement comme les autres auteurs de l'assassinat de Pizarro, et son corps désarticulé mis au pilori sur le champ de bataille.
