Sebastián Garcilaso de la Vega y Vargas était né en 1507, à Badajoz en Estrémadure. Il passa aux Indes en 1525, où il fit partie des troupes de Pedro de Alvarado au Mexique, puis au Guatemala.
En 1534, il suivit Pedro de Alvarado au Pérou, dans l'expédition que ce dernier tenta pour conquérir pour son propre compte, la région de Quito. Après la négociation intervenue entre Alvarado et Diego de Almagro, Sebastián Garcilaso de la Vega resta au Pérou. Pizarro le chargea de conquérir la vallée de Cauca, en Colombie actuelle, puis il vint à Lima, participer à la défense de la ville contre les incas révoltés menés par Manco Inca. Il fit aussi l'expédition avec Gonzalo Pizarro et Pedro de Oñate contre Tiso Yupanqui.
Il passa ensuite à Cusco où il fut reçu comme regidor, le 17 novembre 1554. Il avait connu, à Cusco, en 1538, Isabel Chimpu Ocllo, princesse inca, nièce de Huayna Capac, dont il eut deux fils, parmi lesquels Gómez Suárez de Figueroa, connu plus tard sous le nom de Inca Garcilaso de la Vega.
Pendant les guerres civiles, il fut toujours du côté des pizarristes. Mais en 1548, lors de la bataille de Jaquijahuana du 9 avril, il déserta, et se mit au service de Pedro de la Gasca. En remerciement, il reçut une encomienda importante à Cotanera en Apurimac. Lors de la rébellion de Francisco Hernández Girón (1553-1554), il resta fidèle aux troupes royalistes.
Il mourut à Cusco en 1559.
