Né vers 1526 dans le Pays Basque, il vint aux Indes en 1545, à la suite de son oncle Micuel Diez de Armendáriz, lorsque celui-ci fut nommé visitador de la Nouvelle Grenade (actuelle Colombie). Son oncle le chargea, avec le titre de Gouverneur de la Province de Santa Fé (Bogota), d'aller remplacer le Gouverneur en place, Luis de Montalvo de Lugo. Parti de Cartagène, il procéda à Santa Fé de Bogota, à l'arrestation du gouverneur et de ses capitaines.
Il s'illustra dans les expéditions contre les indigènes révoltés, sous la conduite du cacique Chianchón. Après les avoir soumis, il se montra d'une grande cruauté, les ayant tous fait décapiter. Il entreprit d'autres expéditions à l'occasion desquelles il fonda les villes de Pampeluna (Pamplona) et de Tudela. Il soumit également les indiens Muzos.
Il fut nommé Justicia Mayor de Santa Marta. A la disgrâce de son oncle Armendáriz en 1553, il passa à Panama, où il vécut jusqu'en 1556.
A l'arrivée du nouveau Vice Roi du Pérou, le marquis de Cañete, il se mit au service de celui-ci pour l'accompagner au Pérou. Auparavant, il fut chargé de mater une révolte d'esclaves noirs au Panama. Au bout de deux ans, il réussit à les vaincre, et leur chef Rayano fut envoyé en Espagne pour être jugé.
En 1558, il passe au Pérou, et entreprend en 1560, l'expédition vers l'El Dorado, à la tête de 400 hommes, parmi lesquels Lope de Aguirre. L'expédition fut un échec. Ursua y perdit la vie, assasiné le 10 janvier 1561, avec sa compagne, Inés de Atianza qui l'accompagnait, par Aguirre.
