Né en 1492 à Izagre, dans la Province de León, Cristobal Vaca de Castro fut un juriste et magistrat espagnol, nommé comme juge enquêteur (juez perquisidor) chargé de mettre de l'ordre en Amérique du Sud. Sa mission consistait à enquêter sur les causes de la guerre civile que connaissait le Pérou, régler le différend qui existait entre Sebastián de Benalcázar et Pascual de Andagoya sur la délmimitation des territoires de Popayan et de San Juan, de remplacer éventuellement Francisco Pizarro de son poste de gouverneur, de visiter les fortifications de Hispaniola et de Porto Rico, et de présider l'Audience de Panama. Il arriva aux Indes le 30 décembre 1540, paré de l'habit de l'Ordre de Santiago et de membre du Conseil Royal et Suprême de Castille.
Il mit fin au conflit entre Benalcázar et Andagoya. Francisco Pizarro fut assassiné en juin 1541, et Diego de Almagro el Mozo se proclama gouverneur. Vaca de Castro quita l'Equateur pour Lima, où il arriva le 7 août 1542. A Jauja, il se proclama gouverneur du Pérou et capitaine général de l'armée royaliste. De là, à la tête de 500 hommes, aidé d'Alonso de Alvarado et de Pedro Alvarez Holguin, il marcha sur Huamanga (actuellement Ayacucho), où il écrasa l'armée de Diego de Almagro el Mozo (Bataille de Chupas, 16 septembre 1542). Almagro, fait prisonnier, fut décapité.
Par la suite, il fut remplacé à la tête du Pérou, par le vice-roi, Blasco Núñez Vela. Ce dernier fit mettre en prison Vaca de Castro, accusé d'enrichissement illicite. Il rentra en Espagne, où il passa 10 ans en prison, avant d'être réhabilité par le roi Philippe II. Il fut désigné Comandeur de l'Ordre de Santiago, et fut désigné président du Conseil de Castille, charge qu'il exerça de 1557 à 1561. Il obtint aussi, le paiement de ce qui lui était dû depuis 1545.
Il cessa toutes fonctions en 1562, et mourut peu après au couvent de San Augustin.
