Melchor Verdugo était né vers 1513 à Ávila en Castille la Vieille. Il était venu aux Indes vers 1529 comme page de Gaspar de Espinosa.
Il participa ensuite à la conquête du Pérou, et à la bataille de Cajamarca comme Homme à pied. Il perçut trois-quarts de part d'or et d'argent lors de la répartition de la rançon de l'Inca Atahualpa (3330 pesos d'or et 135 6/8 marcs d'argent). Ce n'est qu'en 1535 qu'il reçut de Francisco Pizarro une encomienda à Trujillo dans le nord du Pérou, incluant la ville et la province de Cajamarca. Il y fit une fortune considérable par l'explitation de mines d'argent, le commerce avec Panama et les tributs de ses indiens obtenus avec la plus grande cruauté.
Il se tint à l'écart des conflits entre Pizarro et Almagro, se préoccupant seulement de ses intérêts. Il fut nommé toutefois, capitaine dans les troupes du gouverneur Blasco Núñez Vela, originaire lui aussi d'Ávila.
Après la prise du pouvoir par Gonzalo Pizarro, il organisa en 1545, une action audacieuse. Il captura un bateau au large de Trujillo, mais au lieu de se porter au secour du vice-roi, il navigua jusqu'au Nicaragua, d'où, après avoir pillé les habitants, il passa dans la mer Caraïbe en naviguant sur de petites embarcations sur le Lago Cocibolca (Lac Nicaragua), et le Desaguadero (Rio San Juan). Ils capturèrent un bateau et, ayant aprris la mort du vice-roi du Pérou, ils décidèrent d'attaquer la ville de Nombre de Dios aux mains des pizarristes.. Il y rançonna les commerçants, avant de se rendre à Cartagène en Colombie actuelle.
A l'arrivée au Pérou du nouveau gouverneur Pedro de La Gasca, il y revint pour se mettre à son service, mais ce dernier, après l'avoir remercié de son action, lui demanda de restituer aux commerçants les sommes qu'il leur avait dérobées. Il ser rendit alors en Espagne, pour protester devant la Cour. Il n'obtint pas gain de cause, mais eut le très grand privilège d'être admis dans l'Ordre de Santiago, privilège dont avait seulement bénéficié avant lui, tris conquistadors, Francisco et Hernando Pizarro, et Hernando de Soto. Il se maria et rentra au Pérou où il vécut comme un grand seigneur à Trujillo.
Il eut encore l'occasion de représenter le vice-roi Cañete en Espagne, mais à cette occasion, il fut assailli de nombreux procès. Il reçut une grâce royale en 1562, et rentra au Pérou en 1564.
Il mourut à Trujillo en 1567.
